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Uniklinikum Essen: Bio-Informatiker sammelt Daten zum Mikrobiom Suche nach Fingerabdrücken von Krankheiten

| Autor: Julia Mutzbauer

Prof. Dr. Folker Meyer setzt sich dafür ein, anonymisierte Informationen für die Forschung zu personalisierter Medizin zugänglich zu machen. Dazu hat der Bio-Informatiker am Institut für Künstliche Intelligenz in der Medizin (IKIM) des Universitätsklinikums Essen (UK Essen) unter anderem geplant, Daten zum sogenannten Mikrobiom in klinische Prozesse zu integrieren.

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Prof. Dr. Folker Meyer will am Uniklinikum Essen Daten zum sogenannten Mikrobiom sammeln, um diese für die Forschung zu personalisierter Medizin zugänglich zu machen
Prof. Dr. Folker Meyer will am Uniklinikum Essen Daten zum sogenannten Mikrobiom sammeln, um diese für die Forschung zu personalisierter Medizin zugänglich zu machen
(© ipopba – stock.adobe.com)

Meyer hat am Argonne National Laboratory der University of Chicago (USA) mit damaligen Kollegen das System MG-RAST (Metagenomic Rapid Annotations using Subsystems Technology) aufgebaut. Dabei handelt es sich um einen wissenschaftlichen Online-Service, der genetische Informationen nutzt, um automatische Analysen der Zusammensetzung und Funktionen einzelner Organismen in komplexen Mikrobiomen zu berechnen. „Mikrobiom“ meint hier die jeweilige Gruppe von Mikroorganismen, die bestimmte Teile des menschlichen Körpers, wie Darm, Haut, Nase oder Rachenschleimhaut, besiedeln. „Das Programm sortiert die Sequenzen und vergleicht sie mit unterschiedlichen Datenbanken“, erklärt Meyer.

Am UK Essen möchte er einen klinischen Daten-See („Data Lake“) etablieren, um anonymisierte Informationen für die Forschung zu personalisierter Medizin zugänglich zu machen. „Je mehr anonymisierte Informationen wir darin sammeln und vergleichen können, desto eher finden wir so etwas wie Fingerabdrücke von Krankheiten, nach denen wir suchen müssen. So lassen sich Patienten optimal behandeln und gleichzeitig Kosten senken“, betont der Bio-Informatiker.

Hintergrund

Folker Meyer studierte bis 1996 Informatik an der Universität Bielefeld und wurde 2002 in Bioinformatik promoviert. Bis 2006 leitete er im dortigen Zentrum für Biotechnologie die AG Bioinformatik. Anschließend wechselte er ans Argonne National Laboratory, wo er seit 2008 stellvertretender Leiter des Institute for Genomics and Systems Biology war. Parallel war er (Full) Professor für Bioinformatik an der University of Chicago.

Das IKIM wurde Anfang 2019 von der UDE-Fakultät für Medizin und dem UK Essen gegründet. Es ist deutschlandweit eines der ersten seiner Art und startet mit fünf neu eingerichteten Professuren. Das Institut wird im Herbst 2020 seine Arbeit aufnehmen und perspektivisch über 100 Mitarbeiter beschäftigen.

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Über den Autor

 Julia Mutzbauer

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Redaktion, eGovernment Computing