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Open-Source-Plattform für COVID-19-Datenanalyse Know-how zum Coronavirus für Wissenschaftscommunity

| Autor: Julia Mutzbauer

Nach Einschätzung der Weltgesundheitsorganisation (WHO) hat das Coronavirus das Zeug zur Pandemie. Angesichts dieses Potenzials ist es wichtig, dass Behörden, Institute und Labore weltweit Zugang zu den jeweils aktuellen Forschungs- und Verbreitungsdaten haben. Um diesen Datenaustausch zu erleichtern, haben Dr. Wolfgang Maier und Dr. Björn Grüning von der Albert-Ludwigs-Universität in Freiburg zusammen mit Forschern aus Belgien, Australien und den USA die bisher verfügbaren Daten ausgewertet und auf der Open-Source-Plattform Galaxy veröffentlicht.

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Wissenschaftler der Albert-Ludwigs-Universität haben alle bisher öffentlich verfügbaren COVID-19-Genomdaten ausgewertet und auf der Open-Source-Plattform Galaxy bereitgestellt
Wissenschaftler der Albert-Ludwigs-Universität haben alle bisher öffentlich verfügbaren COVID-19-Genomdaten ausgewertet und auf der Open-Source-Plattform Galaxy bereitgestellt
(© Corona Borealis - stock.adobe.com)

Laut der Albert-Ludwigs-Universität Freiburg haben die Bioinformatiker Maier und Grüning zusammen mit Kollegen alle bisher öffentlich verfügbaren COVID-19-Genomdaten neu analysiert und ihr Vorgehen sowie die Ergebnisse auf dem Portal bioRxiv dokumentiert. Die Forscher wollen nun über öffentliche Server einen freien Zugang zu Analysewerkzeugen und reproduzierbaren Auswertungsverfahren bereitstellen.

Grüning erklärte dazu, bisherigen Veröffentlichungen habe es oft an Transparenz bezüglich der Datenanalyse gefehlt. So enthalte beispielsweise nur eine von vier bis Anfang Februar publizierte Studie zum COVID-19-Genom eindeutige Angaben zu den verwendeten Rohdaten. Grüning weiter: „Und die Analysen waren zudem nicht gut dokumentiert und nicht reproduzierbar.“ Dadurch sei es nicht möglich gewesen, die jeweiligen Aussagen nachzuvollziehen oder zu überprüfen.

Den Forschern sei es nun gelungen auf die vorliegenden Sequenzen jeweils identische Arbeitsabläufe anzuwenden und mittels Galaxy öffentlich zugänglich zu machen. Damit stünde nicht nur die weltweite Auswertung der Daten über ein Netzwerk von Galaxy-Servern in Europa, den USA und Australien zur Verfügung, sondern gleichzeitig auch die wissenschaftliche Infrastruktur für eigene Analysen von COVID-19-Daten. Damit würden sich in Zukunft neuveröffentlichte Daten innerhalb von Stunden neu analysieren und mit den bisherigen Daten vergleichen lassen.

Die Wissenschaflter sind sich einig, dass der Datenaustausch bei der Forschung zu COVID-19 bisher mangelhaft ist. Das solle sich nun mit den Veröffentlichungen auf Galaxy ändern. „Eine globale Zusammenarbeit, die für die Bewältigung von Notfällen im Bereich der öffentlichen Gesundheit wie dem Ausbruch von COVID-19 notwendig ist, erfordert schließlich einen ungehinderten Zugang zu Daten, Analysewerkzeugen und zur Berechnungsinfrastruktur“, so Maier weiter.

Hintergrund

Galaxy wurde an der US-amerikanischen Penn State University initiiert und an der Universität Freiburg im Sonderforschungsbereich „Medizinische Epigenetik“ sowie als Teil des Deutschen Netzwerks für Bioinformatik-Infrastruktur (de.NBI) weiterentwickelt. Der Europa-Server befindet sich im Rechenzentrum der Universität Freiburg und ist als Community-Projekt angelegt. Die Daten sind online frei zugänglich. Wissenschaftler, die den Server nutzen möchten, brauchen keine Kenntnisse im Programmieren. Alle Einstellungen lassen sich über eine grafische Nutzeroberfläche vornehmen.

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Über den Autor

 Julia Mutzbauer

Julia Mutzbauer

Redaktion, eGovernment Computing